As secretarias são de Articulação e Promoção da Ciência; de Estruturas Financeiras e de Projetos; de Empreendedorismo e Inovação e a nova, de Pesquisa e Formação Científica. Ou seja, todas focadas no desenvolvimento da ciência e inovação.
As entidades vinculadas são a Agência Espacial Brasileira (AEB); a Comissão Nacional de Energia Nuclear (CNEN); o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); a Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP) e o Centro Nacional de Tecnologia Eletrônica Avançada S.A (CEITEC), já em processo de privatização.